RealFeedApp ONT-LibQC показывает биосигнал в CUT&RUN при 3 000 чтениях
Метод ONT-LibQC позволяет оценить качество библиотек для CUT&RUN и Micro-C уже на этапе подготовки, используя всего около 3000 коротких чтений Oxford Nanopore. Это выявляет проблемы с обогащением сигналом (например, H3K4me3) до начала глубокого секвенирования на Illumina.
- Область
- генетика и геном
- Что сделали
- Разработали метод ONT-LibQC, который позволяет оценить качество библиотек для хроматиновых анализов (например, CUT&RUN и Micro-C) с помощью лишь нескольких тысяч коротких последовательностей от Oxford Nanopore, вместо глубокого секвенирования.
- Зачем это
- Это позволяет обнаружить проблемы с биологическим сигналом на ранней стадии, не дожидаясь дорогостоящего и медленного глубокого секвенирования, что ускоряет оптимизацию протоколов.
#nanopore#chromatin#cut&run#micro-c#quality control
